Miškų urėdijos administruojamoje teritorijoje yra 9 kraštovaizdžio draustiniai, 6 telmologiniai (pelkių) draustiniai, be to, entomologinis, geologinis, hidrografinis, ichtiologinis, istorinis ir kiti draustiniai, Taujėnų-Užulėnio ir Viliukų miškų biosferos poligonai bei Kernavės kultūrinis rezervatas. Valstybės saugomų teritorijų plotas valstybinės reikšmės miškuose sudaro 25,4 proc. nuo visų girininkijų miško žemės ploto. (Detali informacija apie saugomas teritorijas ir jų apsaugos režimą pateikiama šios svetainės skiltyje Projektas – DAVM)

2002 – 2004 m vykdytas projektas "Kertinių miško buveinių inventorizacija". Siekiant išlaikyti miškų mozaikiškumą ir užtikrinti ekologiniu požiūriu svarbių biogeocenozių išlikimą, 784,4 ha plote buvo išskirtos 225 kertinės miško buveinės; potencialių kertinių miško buveinių išskirta 49, jų bendras plotas - 95,6 ha. Jose nevykdoma jokia ūkinė veikla.

Urėdijos pastangos tvarkyti miškus 2005 m., 2010 m. ir 2015 m. įvertintos FSC miškų tvarkymo sertifikatu, patvirtinančiu, kad 36310 ha urėdijos miškų ūkinė veikla atitinka griežtus aplinkosauginius, socialinius ir ekonominius standartus pagal Miškų valdymo tarybos (FSC) principus ir kriterijus.

 
   
Vykdydama FSC miškų sertifikavimo keliamus reikalavimus, urėdija įsipareigojo nevykdyti ūkinės veiklos 5 proc. nuo visų miškų urėdijos administruojamų valstybinių miškų ploto. Miško sklypai, įtraukti į neliečiamų medynų sąrašą, saugomi ir nekertami, paliekant juos natūraliai raidai ir biologinės įvairovės vystymuisi. 2008 m. miškotvarkos duomenimis, saugomų sklypų plotas yra 1990 ha, tai sudaro 5,35 proc. urėdijos miškų ploto.

2008 m. miškotvarkos duomenimis, urėdijos valstybiniuose miškuose rasti 132 objektai įrašyti į Raudonąją knygą. Iš jų – 68 paukščių lizdavietės, 16 paukščių perimviečių bei 48 augalų radimvietės. Saugomi 27 paukščių lizdai. Daugiausiai Raudonosios knygos objektų yra Taujenų (24), Balelių (20) ir Krikštėnų (16) girininkijose.

Į miškus žmones traukia istorinės-socialinės vertybės, kaip Veprių kalvarijos, senųjų dvarų liekanos (Deltuvos girininkijoje), pilkapiai, piliakalniai (Želvos girininkijoje), Prezidento Antano Smetonos gimtinė Užulėnio kaime su jo pastatydinta mokykla (Taujėnų girininkijoje), Kernavė – Lietuvos valstybingumo susidarymo centras, kovų su kryžiuočiais vieta.

Vaizdingo landšafto, turinčių didelę estetinę-rekreacinę vertę miškų gausa pasižymi Kernavės, Pašilės, Želvos, Žaliosios girininkijos.

 
   
Raiškus kraštovaizdis, istorinės įžymybės, mažieji miško turtai – uogos, grybai, vaistažolės – o kartais tiesiog įprastas medžių ošimas, traukia ir vietos, ir iš toliau atvykstančius žmonės. Miške jie pailsi, atgauna jėgas. Miškininkų pareiga – tinkamai juos priimti. Kiekvienoje girininkijoje įrengta bent po keletą rekreacinės paskirties objektų. Ateityje, išanalizavus traukos vietas, stovyklaviečių, atokvėpio vietų numatyta įrengti daugiau.
.
Rekreaciniai objektai Ukmergės miškų urėdijoje 2016 m.
Rekreaciniai takai - 2; atokvėpio vietų - 33; 1 regykla; 22 poilsiavietės; kiti objektai - 2